Несмотря на то, что "упрощенцы" не являются плательщиками НДС, в некоторых ситуациях они все же перечисляют этот налог в бюджет. Например, организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, должны перечислить НДС в бюджет:

• исполняя обязанности налоговых агентов (то есть лиц, исчисляющих, удерживающих и перечисляющих налоги в бюджет)
• занимаясь общим учетом операций по договору простого товарищества, совместной деятельности или доверительного управления имуществом,
• а также выставляя покупателю (заказчику) счета-фактуры с выделенным налогом.

Закон не запрещает "упрощенцам" выставлять счета-фактуры, если они решили продать с НДС те ценности, которые этим налогом не облагаются. Будучи "упрощенцем", можно по просьбе заказчиков выписать счет-фактуру. Но в этом случае придется заплатить НДС, указанный в счете-фактуре, в бюджет (пп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ). Кроме того, потребуется сдать декларацию по НДС.

Можно выдать покупателю счет-фактуру, но указать в нем "Без НДС". Это будет формальным нарушением, поскольку условия выставления счетов-фактур установлены п. 3 ст. 168 НК РФ. Но никаких негативных последствий для "упрощенцев" данное действие не влечет. На этот счет существуют противоположные мнения. Мы приводим то, которое высказал в своем интервью Михаил Мухин, президент ООО "Центр налоговых экспертиз и аудита", действительный государственный советник РФ 3-го класса:

В счете-фактуре, выданной компанией, применяющей НДС, можно указывать «Без НДС. Согласно ст. 346.14 НК РФ объектом налогообложения при УСН являются доходы. Доходом, в свою очередь, признается экономическая выгода (ст. 41 НК РФ). А сумма НДС уплачивается в бюджет и экономической выгодой для налогоплательщика не является».

Таким образом, в Вашем случае сумма НДС, полученная от покупателя, будет включена в состав доходов организации за тот период, в котором указанная сумма поступила на расчетный счет организации. При этом включить в расходы сумму НДС после уплаты её в бюджет нет оснований. По окончании периода, в котором был выставлен покупателю счет-фактура с НДС, необходимо составить и сдать в ИФНС декларацию в срок до 25 числа месяца, следующего после окончания отчетного квартала.